La cocción se realiza en recipientes abiertos en macetas, llevando el producto a una temperatura de tres 85 y 90 °C. En poco tiempo, se forma una capa de "escombros" que consiste en fragmentos de cáscara y bayas y proteínas coaguladas. Se elimina el estado y con un colador sencillo se deja el mosto en cocción clara y clara.
La duración del procedimiento es generalmente muy variable entre 24 y 36 horas hasta alcanzar la concentración deseada (aproximadamente 35-36 Brix). La concentración excesiva o el aumento de la temperatura lleva a la degradación de los azúcares con reflejos indeseables tanto en el aroma como en las fases posteriores de maduración.
Además de la concentración de mosto, la cocción induce una serie de reacciones que afectan principalmente a los azúcares y contribuyen a la definición del color y parte de los aromas típicos del vinagre balsámico tradicional. Además, no hay que olvidar el efecto de esterilización del mosto, que permite una posterior colonización más fácil por las levaduras y bacterias presentes en el molino de vinagre y por lo tanto características del vinagre producido.